Μέσα στο Δέλτα του Έβρου βρίσκονται οι λίμνες Νυμφών, Σκέπη, Τσεκούρι, Σπίτια, Γυναίκα. Ανήκουν όλες στην περιοχή του δικτύου Natura 2000 με τον κωδικό GR1110001, Δέλτα Έβρου. Πρόκειται για λίμνες γλυκού νερού, που δημιουργήθηκαν από τα νερά που καλύπτουν το νοτιοανατολικό τμήμα του Δέλτα κατά τη διάρκεια περιοδικών πλημμυρών τους χειμερινούς μήνες. Εκτός αυτών υπάρχουν και λιμνοθάλασσες Μονολίμνη ή Παλούκια, η Δράνα ή Δράκοντος και η λιμνοθάλασσα Λακί ή Αυγανών. H μικρή υψομετρική διαφορά του δέλτα του ποταμού Έβρου από την επιφάνεια της θάλασσας και οι μεγάλες εποχικές διακυμάνσεις στην ροή των νερών του, έχουν ως αποτέλεσμα να πλημμυρίζει η περιοχή από τις Φέρες μέχρι τη θάλασσα, δηλαδή ανάμεσα από τους δύο βραχίονές του δέλτα. Λόγω αυτού του φαινομένου σχηματίζονται μόνιμες ή εποχικές λίμνες, οι κυριότερες των οποίων είναι των Νυμφών, η Σκέπη, το Τσεκούρι, τα Σπίτια και η Γυναίκα. Εκτός των λιμνών με γλυκό νερό σχηματίζονται και λιμνοθάλασσες όπως η Δράνα ή Δράκοντας, το Λακί ή λίμνη Αυγανών και η Μονολίμνη ή Παλούκια.

Το βόρειοανατολικό τμήμα του Δέλτα, αποτελεί την λεγόμενη «πλημμυρίζουσα ζώνη» και καλύπτεται από πυκνούς θαμνώνες με αρμυρίκια. Κατά μήκος του ποταμού ευδοκιμεί ένα πυκνό δάσος με υδρόφιλα είδη όπως λεύκες, ιτιές, σκλήθρα, φτελιές, κ.ά. Όσο προχωράμε προς νότο, κοντά στις λίμνες εμφανίζονται πυκνοί καλαμιώνες. Η λίμνη Νυμφών είναι μια μόνιμη λίμνη γλυκού νερού με έκταση περίπου 2.600 στρέμματα και ύψος από την επιφάνεια της θαλάσσης γύρω στο ένα μέτρο. Επικοινωνεί μέσω διώρυγας με την θάλασσα, γεγονός που την επηρεάζει. Πρόκειται για την ανατολικότερη μόνιμη λίμνη της ηπειρωτικής Ελλάδας. Η λίμνη Σκέπη είναι κι αυτή μόνιμη λίμνη γλυκού νερού και επικοινωνεί κι αυτή με την θάλασσα μέσω μιας διώρυγας. Ειδικά τους καλοκαιρινούς μήνες, όταν η στάθμη των νερών του Έβρου πέφτει, η θάλασσα επηρεάζει τη λίμνη. Βρίσκεται κοντά στα σύνορα με την Τουρκία, στις παρυφές της παλιότερα ελληνικής πόλης Αίνος, της σημερινής τουρκικής Ενέζ. Η Αίνος κτίστηκε από Αλωπεκοννησίους και αναφέρεται από τον Όμηρο ως σύμμαχος των Τρώων. Λόγω της θέσης στο Δέλτα του Έβρου, ο οποίος στην αρχαιότητα ήταν πλωτός ποταμός, έλεγχε το εμπόριο όλης της Θράκης με το Αιγαίο. Στις αρχές του 20ού αιώνα ο Αίνος είχε πληθυσμό 4.000 κατοίκων, όλων Ελλήνων. Παραχωρήθηκε στην Τουρκία το 1922. Η λίμνη Τσεκούρι έχει έκταση περίπου 460 στρέμματα, ενώ οι λίμνες Σπίτια και Γυναίκα είναι μικρότερες.