Η Βιστωνίδα ταξινομείται ανάμεσα στις αβαθείς λίμνες ή λιμνοθάλασσες διότι επικοινωνεί με τη θάλασσα μέσω μιας μεγάλης διώρυγας και δύο καναλιών, ενώ από το θαλασσινό νερό του Βιστωνικού κόλπου, ή Πόρτο Λάγος, τη χωρίζει μόνο μια στενή λουρίδα γης. Έτσι, πιθανότατα να την συναντήσουμε και ως λιμνοθάλασσα. Είναι η τέταρτη μεγαλύτερη λίμνη της Ελλάδας και αποτελεί, έναν από τους κυριότερους από οικολογικής σκοπιάς υγροτόπους της Θράκης, αλλά και της Β. Ελλάδας, αφού διαθέτει σημαντικούς τύπους οικοτόπων και ιδιαίτερα πλούσια βιοποικιλότητα. Παλιότερα ονομαζόταν λίμνη Μπουρού, κατάλοιπο μάλλον από την τουρκική ονομασία της επί οθωμανικής κατοχής, Μπουρού Γκιόλ. Βρίσκεται στα σύνορα μεταξύ Νομού Ξάνθης και Ροδόπης και ως υγροβιότοπoς προστατεύεται από τη Σύμβαση Ραμσάρ, ενώ έχει περιληφθεί και στον κατάλογο προστατευόμενων περιοχών Natura 2000.

Η ονομασία Βιστωνίδα έχει ρίζες στην αρχαιότητα, αφού εκεί υπήρχε η πόλη των Βιστόνων –Βιστονία, ή Βιστωνία–, με ιδρυτή τον μυθικό Βίστωνα. Ανήκει σε ένα δίκτυο υγροτόπων που ξεκινά από το Δέλτα του Νέστου και καταλήγει στη λίμνη Μητρικού ή Ισμαρίδα. Πολλές και οι μικρότερες λιμνοθάλασσες που βρίσκονται στην περιοχή. Μεταξύ αυτών η Λάφρη, η Λαφρούδα και η λιμνοθάλασσα του Πόρτο Λάγους στο νομό Ξάνθης, το Νταλιάνι, η Ξηρολίμνη, του Καρατζά, η Αλυκή, η Πτελέα και το Έλος στο νομό Ροδόπης. Όλη η περιοχή ανήκει στο Εθνικό Πάρκο Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης. Η λίμνη καταλαμβάνει επιφάνεια 45 τετραγωνικών χιλιομέτρων, έχει μέγιστο μήκος 12,5 χιλιόμετρα, μέγιστο πλάτος 7 χιλιόμετρα, μέγιστο βάθος 4 μέτρα και βρίσκεται σε υψόμετρο  μόλις 10 εκατοστών πάνω από την επιφάνεια της θάλασσας.

Λόγω της επικοινωνίας της λίμνης-λιμνοθάλασσας με τη θάλασσα, δημιουργούνται ιδιότυπες συνθήκες μεταβολής της αλατότητας, εμπλουτισμού του ιζήματος με αλλόχθονα συστατικά και ελάττωσης του βάθους λόγω συσσώρευσης φερτών υλικών. Όλα αυτά μπορεί να προκαλέσουν διαταραχές στην οικολογική ισορροπία και σταδιακά την υποβάθμιση ή και την καταστροφή του οικοσυστήματος. Λόγω του μικρού βάθους που δεν ξεπερνά τα 4 μέτρα, η λίμνη είναι κατάλληλη για παραδοσιακά ιχθυοτροφεία κι έτσι, κοντά στα κανάλια που συνδέουν την Βιστωνίδα με την θάλασσα έχουν αναπτυχθεί παραλίμνιες ιχθυοτροφικές μονάδες. Στις εποχιακά κατακλυζόμενες με, γλυκό ή υφάλμυρο, νερό, επίπεδες εκτάσεις γύρω από τη λίμνη, σχηματίζονται βάλτοι και αλμυρόβαλτοι με αλοφυτική βλάστηση. Η πιο κοινή φυτοκοινότητα γύρω από τη λίμνη είναι οι καλαμιώνες, ανάμεσα στους οποίους διακρίνονται και ζώνες με αρμυρίκια. Στους διαφορετικούς οικότοπους περιλαμβάνονται αλίπεδα, παραποτάμια δάση, μικρότερες λίμνες γλυκού νερού και υγρολίβαδα.

Η Βιστωνίδα και οι γειτονικές λιμνοθάλασσες αποτελούν έναν ενιαίο ευρύτερο υγροτοπικό σύστημα όσον αφορά την ορνιθοπανίδα. Εδώ έχουν καταγραφεί περισσότερα από 264 διαφορετικά είδη, από τα οποία τα 141 φωλιάζουν στην περιοχή. Τα 87 από τα παρατηρηθέντα είδη περιλαμβάνονται στο Παράρτημα της Οδηγίας 79/409 Ε.Ε., και προστατεύονται. Επιπλέον, 12 από αυτά τα είδη είναι χαρακτηρισμένα «κινδυνεύοντα» σε ευρωπαϊκό επίπεδο , ενώ τα 9 απειλούνται με εξάλειψη σε παγκόσμιο επίπεδο. Αυτά είναι ο αργυροπελεκάνος ,η νανόχηνα, η κοκκινόχηνα, η βαλτόπαπια, το κεφαλούδι, ο στικταετός, ο βασιλαετός, το κιρκινέζι, και η λεπτομύτα.

Στους υγρότοπους και στη ευρύτερη περιοχή, συναντιούνται και αρκετά είδη θηλαστικών, όπως η αλεπού, ο αγριόγατος, ο ασβός, το κουνάβι, η νυφίτσα, ο λαγός, ο σκαντζόχοιρος, η μυγαλή, ο λαγόγυρος, ο δασομυωξός, σπανιότερα η βίδρα, κ.ά. Εδώ ζει και ένας μικρός πληθυσμός τσακαλιών, από τους τελευταίους που έχουν απομείνει στην χώρα μας. Όσον αφορά τα αμφίβια έχουν καταγραφεί 12 είδη αμφίβιων. Ο λοφιοφόρος τρίτωνας, ο λιμνοβάτραχος, ο δεντροβάτραχος, ο πηλοβάτης, η μπομπίνα είναι μεταξύ αυτών. Και τα ερπετά αντιπροσωπεύονται επαρκώς με 22 καταγεγραμμένα είδη. Στην πυκνή βλάστηση γύρω από τη λίμνη θα συναντήσουμε δύο είδη χελώνας, τον λαφιάτη, το σπιτόφιδο, τη σαΐτα, τον σαπίτη, το αγιόφιδο, την οχιά, τον τυφλίτη και πολλά είδη σαύρας. Στο νερό θα βρούμε νερόφιδα αλλά και δύο είδη νεροχελώνας, την λεγόμενη βαλτοχελώνα και την ποταμοχελώνα.

Στη λίμνη Βιστωνίδα έχουν καταγραφεί 58 είδη ιχθυοπανίδας, εκ των οποίων τα 43 αποκλειστικά του γλυκού νερού. Η παρουσία των υπολοίπων οφείλεται στην επικοινωνία της λίμνης με την θάλασσα. Χαρακτηριστικά είδη το γριβάδι, το τσιρώνι, το τυλινάρι, η βιργιάνα, η κοκκινοφτέρα, η μουρμουρίτσα, το τσαϊλάκι ο κέφαλος, το λαυράκι, η τσιπούρα, η γλώσσα, η μουρμούρα, ο γοβιός και το χέλι. Μάλιστα συναντώνται και τα ενδημικά είδη γυφτόψαρο, γελάρτζα και θρακοβελονίτσα. Παλαιότερα είχε καταγραφεί και ένα ενδημικό είδος του γλυκού νερού, η θρίτσα, αλλά πιστεύεται ότι έχει πλέον εξαλειφθεί. Επίσης παλαιότερα τοι κύριο αλίευμα ήταν τα γριβάδια, ο πληθυσμός των οποίων έχει μειωθεί σημαντικά. Σε αυτό συνέβαλλε και η αύξηση της αλατότητας της λίμνης τα τελευταία χρόνια, η οποία έχει μειώσει τον πληθυσμό κάποιων ειδών, έχει εκτοπίσει άλλα από το νότιο προς το βόρειο τμήμα της λίμνης, και έχει ευνοήσει είδη όπως η αθερίνα, που προσαρμόστηκε στη λίμνη μετά το 1991.